顯微光學影像系統有多種類型，如生物顯微鏡、熒光顯微鏡、偏光顯微鏡、體視顯微鏡和共聚焦顯微鏡等。這些不同類型的顯微鏡在結構、功能和應用領域上都有所不同。例如，生物顯微鏡主要用在生物醫學方面，觀察對象多為透明或半透明微體；熒光顯微鏡則利用某些物質吸收特定較短波長光線而發射特定較長波長光線的特性，去發現這些物質的存在，判斷其含量。
 

　　顯微光學影像系統在多個領域都有廣泛的應用。在科研和教育領域，它被廣泛用于教學、演示、學術交流和醫學研究等方面。在工業領域，它可用于PCB線路版檢查、IC質量控制等工業視覺應用。在醫療領域，它可用于病理切片觀察等診斷工作。此外，顯微光學影像系統還在食品、航天、軍事等領域發揮著重要作用。
 

　　顯微光學影像系統的成像質量受到多種因素的影響。例如，被檢物體的制作標準(如切片厚度、蓋玻片質量等)會影響成像效果；顯微鏡物鏡的檔次和數值孔徑也會影響成像質量；聚光鏡孔徑光欄應與物鏡的數值孔徑相符，才能得到最佳的圖像分辨率；調焦系統的精度和穩定性對于快速找到圖像并聚焦至關重要；載物臺的精度和穩定性也會影響成像質量；照明系統的選擇和調節也會影響觀察到的顯微圖像的分辨率和銳利度。
 

　　然而，顯微光學影像系統也存在一些限制。由于光學衍射極限的限制，普通光學顯微鏡的分辨率極限大概在200納米左右，這使得很多微小的目標觀察物(如細胞器、蛋白質甚至病毒)無法被直接觀察到。此外，光學顯微鏡無法觀察不透光的物體，且無法拍照保留數據(但現代顯微光學影像系統通常配備有數字化圖像探測器如CCD、CMOS等，可以記錄并保存圖像數據)。